Большинство коралловых рифов, которые мы наблюдаем сегодня, образовались после ледникового периода, когда таяние льдов привело к повышению уровня моря и затоплению континентального шельфа. Это означает, что их возраст не превышает 10 000 лет.
Обосновавшись на шельфе, колонии стали расти вверх и достигли поверхности моря. Коралловые рифы встречаются и вдалеке от континентального шельфа вокруг островов и в виде атоллов. Большинство таких островов имеют вулканическое происхождение. Редкие исключения возникли в результате тектонических сдвигов.
Экосистема кораллового рифа делится на зоны, которые представляют разные типы среды обитания: лагуна, риф-флет, внутренний склон и внешний риф. Все зоны экологически взаимосвязаны и создают возможности для перемешивания воды, осадков, питательных веществ и организмов.